پایان نامه؛ مدل سازی درشت دانه برهمکنش پروتئین F-BAR با غشای لیپیدی

خبرنگار افتخاری 1جلسه دفاع از پایان نامه کارشناسی ارشد با موضوع ” مدل سازی درشت دانه برهمکنش پروتئین F-BAR با غشای لیپیدی ” و ارائه جناب آقای احسان نیک بین، دوشنبه ۲۰دی ماه ۹۵ در دانشکده فیزیک دانشگاه صنعتی شریف برگزار شد.

چکیده:

پروتئین های F-BAR از خانواده پروتئین هایی به نام BAR) Bin/Amphiphysin/Rvs) هستند که در فرم دادن غشا سلول و ایجاد انحنا در آن و پایدارسازی این انحنا موثر هستند. این پروتئین ها معمولا به صورت آرایش شبکه مانندی بر روی غشا قرارگرفته و توانایی شکل دادن غشای لوله ای را دارند. در این پروژه با استفاده از روش دینامیک مولکولی درشت دانه، برهمکنش پروتئین های F-BAR با غشا مورد مطالعه قرار گرفته است. برای توصیف نحوه ایجاد و پایداری انحنا در غشا و نیز تغییر خواص غشا در حضور پروتئین ها، در ابتدا، نیاز به یک مدل درشت دانه مناسب برای غشای لیپیدی داریم. مدل ارائه شده در این پروژه توصیف کننده غشا در فاز مایع است و لیپیدها در غشا حرکت پخشی دارند. عمق و پهنای پتانسیل بین لیپیدها به نحوی تعیین می شد که سختی خمشی غشا برابر مقادیر تجربی (حدود ۲۰ KBT) باشد. سختی خمشی غشا توسط دو روش افت و خیز گرمایی و روش نیروسنجی غشای لوله ای محاسبه شده است. مقدار سختی محاسبه شده از طریق روش افت و خیز گرمایی غشای لوله ای برابر ۲۰.۳KBT +  ۱.۱KBT   و از روش نیرو سنجی نیز برابر ۲۳.۱KBT +  ۲.۱KBT است که در توافق خوبی با یکدیگر قراردارند. نحوه ایجاد انحنا در غشا با برهمکنش شبکه ای از پروتئین های F-BAR با غشای مسطح مورد مطالعه قرار گرفته است و نشان دادیم که هرچه قدرت برهمکنش بین پروتئین و غشا قوی تر باشد تغییر احنا در غشا بیشتر و سریع تر است. در ادامه سختی خمشی غشای لوله ای پوشیده شده از پروتئین های F-BAR با دو روش افت و خیز گرمایی و روش نیروسنجی محاسبه شده است. با تغییر قدرت برهمکنش بین پروتئین و غشا مقادیر ۳۲KBT تا ۱۰۵KBT برای سختی خمشی غشای لوله ای به دست آمده است. همچنین نشان دادیم که پروتئین های F-BAR چسبندگی کمتری به غشاهای با انحنای بیشتر از انحنای ذاتی خود دارند.

0

مطالب مرتبط

نظر بدهید